NIVEL DECISORIO. Es te nivel está integrado por la Asamblea General de MOJE que es la máxima autoridad y la Coordinación General, su principal función es la de toma de decisiones
NIVEL DE ASESORÍA Lo conforma la auditoria externa y tiene como función el asesorar sobre el mejor funcionamiento administrativo y financiero de la institución.
NIVEL DE DIRECCIÓN. Lo conforma la Dirección Ejecutiva y Gerencia de Programas.
NIVEL DE APOYO A este nivel corresponden las diferentes áreas de apoyo a) Área de Gestión y Generación de Recursos, b) Área de Administración c) Área de Investigación y Comunicaciones
NIVEL OPERATIVO. Está conformado por: a) Programa de Formación Humana, b) Programa de Desarrollo Económico y Productivo y c) Programa de Comercialización.